Валерий Фальков: инфраструктура «мегасайенс» требует подготовки специального типа кадров

В лаборатории редактирования генома Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова (МГНЦ) создали программу автоматизированной оценки органоидов, используемых для разработки инновационной терапии муковисцидоза на основе редактирования генома. Технология получения легочных органоидов является уникальной разработкой специалистов лаборатории.

Органоиды — это сложные 3D-структуры, включающие различные клетки определенного органа (в данном случае — клетки кожи пациентов с муковисцидозом). Из них выделяют фибробласты, которые затем перепрограммируют в плюрипотентные стволовые клетки, и на следующем этапе получают легочные органоиды. Они заменяют образцы биопсии, необходимые для научных исследований, однако для работы с ними необходима точная оценка ряда характеристик.

До недавнего времени исследователи в ручном режиме анализировали полученные органоиды. Это был сложный и трудоемкий процесс, кроме того, каждый специалист основывался на субъективных суждениях.

Созданная программа «OrganoMetric» с использованием нейросетей позволяет в автоматическом режиме сканировать серию изображений органоидов, полученных методом покадровой (time-lapse) микроскопии, и определять их морфометрические характеристики, такие как площадь, диаметр и форма.

«Мы получаем изображения органоидов на автоматизированном микроскопе, а затем просто загружаем их в нашу программу. Она сама склеивает отдельные снимки в одно полное изображение, находит на нем каждый органоид и рассчитывает его характеристики — размер, форму и другие параметры. Раньше на это уходили часы работы вручную, а теперь программа делает все за считаные минуты», — рассказала ведущий научный сотрудник лаборатории редактирования генома МГНЦ, кандидат биологических наук Анна Демченко.

Источник: Официальный ресурс Министерства образования и науки Российской Федерации

Источник: Официальный ресурс Министерства образования и науки Российской Федерации